Eskiçağ lardan beri bilinen ve 718–913 tarihleri arasında (İslâmi dönem) bilim ve sanatta doruk noktaya ulaşan Harran Üniversitesi'nin (Harran Okulu) İslâm öncesi ve İslam dönemindeki yeri bugünkü kalıntılar arasında tespit edilememiştir.1976 yılındaki Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün kazılarında caminin doğu ve kuzey cephelerine bitişik olarak ortaya çıkarttığı küçük hücrelerin İslami dönem üniversitesine (medrese) ait olduğu tahmin edilmektedir
Harran Üniversitesi, 1992 yılında Şanlıurfa'da yeniden kurulmuştur. Şanlıurfa'da kurulan ilk yüksek öğretim birimi “Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu”dur (1976).
Sonra Dicle Üniversitesine bağlı Ziraat Fakültesi (1978), Mühendislik Fakültesi İnşaat Bölümü (1984) ve Gaziantep Üniversitesine bağlı İlahiyat Fakültesi (1988) kurulmuştur.
Daha sonra 09.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla Harran Üniversitesi kurulmuş ve daha önce var olan okullar bu kanuna göre Harran Üniversitesine bağlanmıştır. Ayrıca Fen-Edebiyat, Tıp Fakültesi, Şanlıurfa Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Sosyal Bilimler, Fen Bilimleri ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü kuruluş kanununda yer almıştır.
1994 yılında Siverek, Hilvan, Suruç, Birecik, Viranşehir ve Bozova Meslek Yüksekokulları; 1995 yılında ise Veteriner Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile Akçakale ve Ceylanpınar Meslek Yüksekokulları; 1997 yılında da Sağlık Yüksekokulu ve Kahta Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.
Harran üniversitesi bugün 7 fakülte, 1 yüksekokul, 11 meslek yüksekokulu, 3 enstitü, 10 araştırma ve uygulama merkezi ile faaliyetlerini sürdürmektedir.